Der Aufsichtsrat des WasserClusters setzt sich aus je einem Vertreter der drei beteiligten Universitäten (Universität Wien, Universität für Weiterbildung Krems (Donau-Universität Krems)Universität für Bodenkultur Wien) und je einem Vertreter der zwei Hauptfördergeber (NÖ Landesregierung, Stadt Wien) zusammen.

An der Universität für Bodenkultur Wien ist der WasserCluster dem Department für Wasser-Atmosphäre-Umwelt angeschlossen, an der Universität Wien dem Department für Limnologie und biologische Ozeanografie, an der Universität für Weiterbildung Krems (Donau-Universität Krems) dem Department für Gesundheitswissenschaften und Biomedizin.

Mit der Geschäftsführung sind Priv.-Doz. Dr. Martin Kainz und Bernhard Mang, MSc. betraut. Die Entwicklung und Durchführung von Forschung und Lehre wird von fünf Arbeitsgruppen-Leitern und ihren Arbeitsgruppen umgesetzt.

Der wissenschaftliche Beirat besteht aus acht ExpertInnen auf dem Feld der Gewässer- und Ökosystem-Forschung.