Der Aufsichtsrat des WasserClusters setzt sich aus je einem Vertreter der drei beteiligten Universitäten (Universität Wien, Universität für Weiterbildung Krems (Donau-Universität Krems)Universität für Bodenkultur Wien) und je einem Vertreter der zwei Hauptfördergeber (NÖ Landesregierung, Stadt Wien) zusammen.

An der Universität für Bodenkultur Wien ist der WasserCluster dem Department für Wasser-Atmosphäre-Umwelt angeschlossen, an der Universität Wien dem Department für Limnologie und biologische Ozeanografie, an der Universität für Weiterbildung Krems (Donau-Universität Krems) dem Department für Gesundheitswissenschaften und Biomedizin.

Mit der Geschäftsführung sind Univ. Prof. Dr. Thomas Hein und Mag.(FH) Birgit Humpelstetter betraut. Die Entwicklung und Durchführung von Forschung und Lehre wird von fünf Arbeitsgruppen-Leitern und ihren Arbeitsgruppen umgesetzt.

Der wissenschaftliche Beirat besteht aus acht ExpertInnen auf dem Feld der Gewässer- und Ökosystem-Forschung.